晶能客戶在Hepatology上發表腫瘤研究新成果
來自上海交通大學、復旦大學和第二軍醫大學的研究人員，采用外顯子組測序方法揭示出了肝母細胞瘤（hepatoblastoma）的一些新突變和癌基因，并證實它們與Wnt信號通路以及泛素連接酶復合體相關。這一研究發現已在國際著名肝臟疾病雜志Hepatology（最新影響因子12.003）在線發表。
上海交通大學的何祥火(Xianghuo He)教授、復旦大學的董巋然（Kuiran Dong）教授以及第二軍醫大學的王紅陽（Hongyang Wang）院士是這篇論文的共同通訊作者。
為了鑒別出肝母細胞瘤的新突變，研究人員對6對肝母細胞瘤及匹配淋巴細胞進行了全外顯子組測序。由此鑒別出了21個基因上的24種體細胞非同義突變，其中大多數的為新發突變，包括Wnt信號通路中CTNNB1 (G512V)和CAPRIN2 (R968H/S969C)基因的三個新突變。還發現了從前證實與泛素連接酶復合體相關的一些基因：SPOP、KLHL22、TRPC4AP和RNF169。
研究人員證實，在功能上CTNNB1 (G512V)和CAPRIN2 (R968H/S969C)均為功能獲得性突變，在肝母細胞瘤中CAPRIN2 (R968H/S969C)激活了Wnt信號通路。這些研究結果表明在肝母細胞瘤中存在Wnt信號通路激活，通過在42個肝母細胞瘤腫瘤中對β-catenin進行免疫組化染色進一步證實了這一點。
隨后，他們利用shRNA介導RNA干擾，評估了21種突變基因對于肝母細胞瘤細胞生存的影響。研究結果表明1種新的癌基因CAPRIN2和3種抑癌基因SPOP、OR5I1及CDC20B影響了肝母細胞瘤的細胞生長。并且，研究人員發現在肝母細胞瘤細胞中SPOP S119N是一種功能喪失性突變。他們最終證實SPOP可通過調控CDKN2B表達抑制肝母細胞瘤的細胞增殖。這些研究結果擴展了肝母細胞瘤的遺傳變異圖譜，闡明了Wnt和泛素信號通路調控異常在肝母細胞瘤的腫瘤形成中起著重要的作用。
外顯子組測序 （Exome sequencing）是近年發展起來的一種利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略，相對于基因組測序其成本較低。目前，外顯子組測序已經在米勒綜合癥、歌舞伎綜合癥、重型顱腦畸形等孟德爾疾病的研究中得到成功應用。還有其它一些癌癥和復雜性疾病也應用外顯子組測序觀察到高度相關的突變。
文章中外顯子測序、SNP芯片以及后續的大部分數據分析均由晶能生物完成。
晶能生物推薦原文摘要：
Exome sequencing of hepatoblastoma reveals novel mutations and cancer genes in the Wnt pathway and ubiquitin ligase complex
Exome sequencing of hepatoblastoma reveals novel mutations and cancer genes in the Wnt pathway and ubiquitin ligase complex
Abstract：
Hepatoblastoma (HB) is the most common primary liver tumor in children. Mutations in the β-catenin gene that leads to constitutive activation of Wnt pathway have been detected in a large proportion of HB tumors. To identify novel mutations in HB, we performed whole-exome sequencing of 6 paired HB tumors and their corresponding lymphocytes. This identified 24 somatic non-synonymous mutations in 21 genes, many of which were novel, including three novel mutations targeting the CTNNB1 (G512V) and CAPRIN2 (R968H/S969C) genes in the Wnt pathway, and genes previously shown to be involved in the ubiquitin ligase complex (SPOP,KLHL22, TRPC4AP and RNF169). Functionally, both the CTNNB1 (G512V) and CAPRIN2 (R968H/S969C) were observed to be gain-of-functional mutations, and theCAPRIN2 (R968H/S969C) was also shown to activate the Wnt pathway in HB cells. These findings suggested the activation of the Wnt pathway in HB, which was confirmed by immunohistochemical staining of the β-catenin in 42 HB tumors. We further used shRNA-mediated interference to assess the effect of 21 mutated genes on HB cell survival. The results suggested that 1 novel oncogene (CAPRIN2) and 3 tumor suppressors (SPOP, OR5I1 and CDC20B) influence HB cell growth. Moreover, we found that SPOP S119N is a loss-of-function mutation in HB cells. We finally demonstrated that one of the mechanisms by which SPOP inhibits HB cell proliferation is through regulating CDKN2B expression. Conclusion: these results extend the landscape of genetic alterations in HB and highlight the dysregulation of Wnt and ubiquitin pathways in HB tumorigenesis. (Hepatology 2014;)
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