宏基因組研究的對象是整個微生物群落。微生物群落里的眾多細菌是共同生長、共同影響，共同發揮其生理功能。在研究人體微生物或者環境微生物時采用宏基因組技術比單個細菌研究更能發現其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因組研究對于眾多不能培養分離單個細菌的菌群提供了研究途徑。新一代測序技術近年來的革命性發展給宏基因組學的發展提供了重要條件，我們可以通過高通量深度測序，靈敏的檢測出微生物群落結構隨不同宿主或者外界環境的改變而發生的極其微弱的變化，對于我們研究微生物與人的關系、微生物與環境的關系有著重要的理論和現實意義。

基于新一代測序的技術路線，我們提供16S rDNA特定區域如V3，V4，或V6區的擴增和Illumina hiseq2000測序和整個基因組測序服務兩種技術路線。   

    將過濾后的Illumina paired-end reads 兩端重疊區域連接，構成一段完整的16S rDNA的V3，V4，或V6區序列，通過與數據庫比對，對其進行物種分類，并且根據聚類距離進行OTU分類，將OTU與物種分類相對應。

    構建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并進行2X100的測序，根據測序結果進行一系列的生物信息學分析。比如:與已有數據庫比對，基于相關的非冗余基因集，并統計每個基因在樣品中相對豐度，基于基因的功能注釋信息，基于基因的物種注釋信息，得到各個分類級別（科、屬）的分類表等；個性化分析，視課題情況而定。

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