Cell子刊最新發表應用Arraystar LncRNA芯片研究宿主抗病毒反應的文章
中科院微生物研究所/福建農林大學的陳吉龍研究員長期從事流感病毒致病機理、抗病毒免疫學、病毒感染誘導腫瘤發生機理、腫瘤免疫學等領域的研究。近期，其實驗室利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究發現了一種新的調控宿主抗病毒反應的長鏈非編碼RNA——NRAV，通過抑制干擾素刺激基因轉錄從而調控抗病毒反應，在抗病毒天然免疫反應中發揮重要調控功能。該研究成果刊登在國際頂級期刊Cell子刊Cell, Host & Microbe（影響因子12.194）。（芯片實驗由康成提供技術服務）
研究背景：
流感是一種重要的人畜共患傳染病，極具感染性和傳染性。流感病毒感染宿主后，病毒RNA被宿主的病原識別受體所識別，激活抗病毒天然免疫應答，抑制病毒復制。LncRNA是近5年來生物和醫學界的熱門研究領域，已有報道證明lncRNA在眾多細胞過程中具有重要功能，但是lncRNA在抗病毒天然免疫應答過程中的作用目前仍不清楚。陳吉龍教授課題組本次研究目的是利用Arraystar Human LncRNA 芯片對lncRNA在流感病毒復制及宿主抗病毒天然免疫應答中的功能展開系統研究。
研究思路：
為了系統檢測病毒對宿主lncRNA的影響，作者首先應用美國Arraystar Human LncRNA芯片檢測甲型流感病毒（IAV）感染和不感染的肺泡上皮細胞細胞（各3例）的lncRNA表達變化。其中，lncRNA-NRAV在IAV感染的細胞中表達水平顯著降低，并且借助于生物信息學分析和分子生物學手段，確認了NRAV的非編碼特征和全長序列。作者通過細胞和轉基因小鼠的體外、體內實驗表明，NRAV能夠顯著促進IAV的復制及毒力，說明NRAV是抗病毒天然免疫應答的負調控因子。
作者進一步研究NRAV促進IAV復制的機制，在病毒感染的細胞中過表達NRAV，通過全基因組表達譜芯片檢測基因表達改變。GO分析顯示很多差異表達基因與病原體感染和病毒復制有關，并且眾多干擾素刺激基因的基因表達發生顯著變化。
作者在多個層次研究NRAV影響干擾素刺激基因表達的機制。ChIP-PCR實驗發現，NRAV顯著改變關鍵干擾素刺激基因IFITM3和MxA的啟動子區的組蛋白修飾水平，從而抑制IFITM3和MxA的基因轉錄。進一步，通過RNA pull-down和RIP實驗還發現，NRAV特異性地與多功能轉錄因子ZONAB相結合，二者相互作用，從而影響MxA的轉錄調控。
技術路線：
結果展示：
A．聚類圖顯示差異表達的lncRNA(左圖)，差異顯著的lncRNA及RT-PCR驗證（右圖）；
B．聚類圖顯示差異表達的mRNA(左圖)，干擾素刺激基因聚類圖（右圖）；
C．全基因組表達譜芯片篩選的差異表達基因GO分析；
D．ChIP-PCR實驗表明NRAV改變MxA和IFITM3的組蛋白修飾。
研究意義：
該研究揭示了lncRNA在抗病毒天然免疫反應中的重要調控功能。在病毒感染的細胞中，長鏈非編碼RNA-NRAV表達水平顯著降低。體內外實驗表明，NRAV能夠顯著促進IAV的復制，作為負調控因子影響抗病毒天然免疫應答。該研究確定了一個新的宿主抗病毒反應lncRNA，對了解病毒與宿主的相互作用起到促進作用，對于揭示流感等急性感染病毒的致病機理具有重要的科學意義，為新型抗病毒藥物的研制提供了藥物靶點。
原文出處：
NRAV, a Long Noncoding RNA, Modulates Antiviral Responses through Suppression of Interferon-Stimulated Gene Transcription. Cell Host & Microbe, 2014, 16(5): 616-626.
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