黃粉甲觸角轉(zhuǎn)錄組測序及嗅覺基因鑒定在鞘翅目嗅覺基因功能研究中的應(yīng)用
最新一期《Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics》（SCI收錄，IF=2.823）雜志報導(dǎo)了安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植保學(xué)院的研究人員在昆蟲轉(zhuǎn)錄組測序方面的研究論文，該課題組利用第二代高通量測序技術(shù)對黃粉甲觸角組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，并鑒定出數(shù)十條編碼嗅覺蛋白的基因。安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植保學(xué)院的劉蘇博士和李世廣博士分別是本文的第一作者和通訊作者。
背景介紹
昆蟲靈敏的嗅覺在其生存與繁衍中扮演重要角色。與高等脊椎動物不同，昆蟲的嗅覺系統(tǒng)較為復(fù)雜，有多個嗅覺蛋白家族參與其中，如氣味結(jié)合蛋白OBPs、化學(xué)感受蛋白CSPs、氣味受體ORs、離子型受體IRs、感覺神經(jīng)元膜蛋白SNMPs等。目前，針對昆蟲嗅覺蛋白編碼基因的研究，多集中于鱗翅目昆蟲，而針對鞘翅目昆蟲的研究較少。
結(jié)果分析
該課題組使用Illumina HiSeq2000測序平臺對黃粉甲（Tenebrio molitor，一種鞘翅目昆蟲）進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，使用CLC Genome Workbench軟件（版本6.0.4）進(jìn)行序列拼接。轉(zhuǎn)錄組測序獲得了52,216,616條clean reads，拼接獲得了35,363條unigenes。這些unigenes平均長度451 bp，N50值為505 bp。其中18,820條unigenes與NCBI nr蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中已注釋的蛋白能夠較好地匹配（E-value<10-5）。Gene ontology（GO）和Cluster of Orthologous Groups（COG）也被用于分析這些基因的潛在功能。在35,363條unigenes中，有13,010條（36.79%）能夠匹配上至少一個GO的分子功能，而能夠匹配上至少一個COG功能的unigenes為11,544條（32.64%）。在黃粉甲觸角轉(zhuǎn)錄組中鑒定出了19個OBP基因，12個CSP基因，20個OR基因，6個IR基因，2個SNMP基因。本研究是首次對黃粉甲觸角進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。上述研究成果為深入研究鞘翅目嗅覺基因的功能奠定了堅實的基礎(chǔ)。本課題中的轉(zhuǎn)錄組測序與分析服務(wù)由上海伯豪生物技術(shù)有限公司提供。
原文出處：Liu S, Rao XJ, Li MY, Feng MF, He MZ, Li SG. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp. Biochem. Physiol. D 2015, 13: 44-51.
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