采用 RNA ScreenTape 分析法進行 DV200 評估
作者
Eva Graf
安捷倫科技有限公司
Waldbronn, Germany
摘要
RNA 測序文庫制備工作流程的成功與否在很大程度上取決于 RNA 起始材料的質量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法獲得的 RNA 完整值當量 (RINe) 是一種評估標準 RNA 測序的樣品完整性的可靠且可重現的指標。由于 RNA 降解以及樣品體積有限，從福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織中提取 RNA 樣品進行文庫制備具有挑戰性，因此建議針對 FFPE RNA 文庫制備采用定制方案。FFPE RNA 樣品的片段大小分布對文庫產率具有重要影響，可以將其描述為大于 200 個核苷酸的 RNA 片段所占的百分比，用 DV200 質量指標來表示[1]。Agilent RNA ScreenTape 和安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法有助于對從 FFPE 組織中提取的降解 RNA 樣品進行高可重現的 DV200 評估。Agilent TapeStation 分析軟件能夠通過區域分析對 DV200 數據進行簡單評估和處理，自動進行重復 DV200 分析。
技術詳情
使用配有 Agilent TapeStation 分析軟件（A.02.02版）的 Agilent 4200 TapeStation 系統。RNA ScreenTape（部件號 5067-5576）和試劑（部件號 5067-5577 和5067-5578），以及安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape（部件號 5067-5579）和試劑（部件號 5067-5580 和 5067-5581）均購自安捷倫科技公司。除非另有說明， 否則所有分析均按照生產商的方案和指南進行。采用 ScreenTape 分析法對所有樣品進行分析，每個膠條包含梯度分子量內標上樣。從 FFPE 組織中提取的 RNA 樣品由國家腫瘤疾病中心（簡稱 NCT，位于德國海德堡）組織庫友情提供，此過程符合組織庫的規定，并得到了海德堡大學倫理委員會的批準。
數據分析
DV200 表示大于 200 個核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比。通過定義大于 200 個核苷酸的區域，可以利用 TapeStation 分析軟件計算得出 DV200。該軟件提供了區域設置的多種方式，適用于從低到高的各種樣品通量。如需了解更多信息以及關于區域分析的演示視頻，請咨詢安捷倫信息中心(AIC)。
單個樣品的區域設置
為單個樣品定義 DV 200 區域，請單擊 Region，然后右鍵單擊電泳圖以添加區域。可以通過向左或者向右滑動來單獨調節區域邊界。
數據文件的區域設置
如果要將 DV 200 區域定義為默認適用于單個數據文件中所有樣品，請單擊 Region，然后單擊 Region Settings，在對話框中輸入區域下限和上限（圖 1）。如需在電泳圖中識別該區域，請輸入DV200 作為區域注釋。要將該區域應用于現用文件中的所有樣品，請選擇 This File。
自動區域設置
要將 DV200 區域定義為默認適用于所有重復的 FFPE RNA 樣品分析，請單擊 Region，然后單擊 Region Settings，在對話框中輸入區域下限和上限（圖 1）。如需在電泳圖中識別該區域，請輸入
DV200 作為區域注釋。要將該 DV200 區域應用于與現用文件分析方法相同的所有文件，請選擇 Assay Files。
DV200 區域定義完成后，每個樣品的值將顯示在區域表中的 % of Total 列（圖 2）。可以通過選中區域表，導出所有區域數據并生成報告。請注意，TapeStation 分析軟件的區域表、導出文件和報告中顯示的濃度，是指所定義區域的濃度；總樣品濃度顯示在樣品表中。
結果與討論
重現性
對三個 FFPE RNA 樣品進行五次獨立重復測定，以對采用 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法獲得的 DV200 重現性進行驗證。兩種方法均表現出較高的重現性，CV 小于 5%（圖 3）。
濃度依賴性
采用 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法對三個單獨 FFPE RNA 樣品的系列稀釋溶液進行分析，以確定 DV200 分析的一致性（表 1）。RNA ScreenTape 分析法和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法獲得的 DV200 均表現出較高的精確度，其CV 值小于 5%。
如圖 4 所示，系列稀釋溶液分析表明， 當測量濃度高于特定分析濃度范圍下限時，DV200 評估是最精確的。
嚴重降解的 FFPE 樣品可能會下移到靠近下位分子量內標處，而不能完全與下位內標分離，特別是在樣品濃度接近特定定量范圍上限時。在這種情況下，稀釋樣品產生的 DV200 結果更為準確（見圖 5）。
分析方法比較
采用 RNA ScreenTape 分析法對來自不同人體組織的 20 個 FFPE RNA 樣品進行分析，然后將樣品按 1:20 的比例稀釋，再用高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法進行分析。RNA 分析法獲得的 DV200 范圍為 40%–74%，而用高靈敏度 RNA 分析法分析相應樣品的結果為這些值的 101±5%。為了驗證 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法測得的 DV200 的可比性，將兩種方法得到的值繪制在一起，如圖 6 所示。
結論
Agilent RNA 和安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法，結合 Agilent 4200 TapeStation 系統，可以輕松快速地對FFPE RNA 樣品進行質量分析。Agilent TapeStation 分析軟件在進行區域設置后 DV200 以總百分比顯示。RINe 算法不會影響 DV200 的計算。由 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法計算得到 DV200 具有較高的重現性，兩種方法得到的結果 高度一致。為了獲得最佳性能，建議與樣品一起進行梯度分子量內標分析。在特定分析范圍內，系列稀釋溶液的 DV200 具有一致性。對于未能與內標有效分離的高度降解樣品，應對其進行稀釋以獲得最準確的結果。
參考文獻
1. Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina Technical Note, publication number 470-2014-001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote- truseq-rna-access.pdf
僅限研究使用。不可用于診斷目的。
本文中的信息、說明和指標如有變更，恕不另行通知。
© 安捷倫科技（中國）有限公司，2017
2017 年 9 月 28 日，中國出版
5991-8355ZHCN
Eva Graf
安捷倫科技有限公司
Waldbronn, Germany
摘要
RNA 測序文庫制備工作流程的成功與否在很大程度上取決于 RNA 起始材料的質量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法獲得的 RNA 完整值當量 (RINe) 是一種評估標準 RNA 測序的樣品完整性的可靠且可重現的指標。由于 RNA 降解以及樣品體積有限，從福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織中提取 RNA 樣品進行文庫制備具有挑戰性，因此建議針對 FFPE RNA 文庫制備采用定制方案。FFPE RNA 樣品的片段大小分布對文庫產率具有重要影響，可以將其描述為大于 200 個核苷酸的 RNA 片段所占的百分比，用 DV200 質量指標來表示[1]。Agilent RNA ScreenTape 和安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法有助于對從 FFPE 組織中提取的降解 RNA 樣品進行高可重現的 DV200 評估。Agilent TapeStation 分析軟件能夠通過區域分析對 DV200 數據進行簡單評估和處理，自動進行重復 DV200 分析。
技術詳情
使用配有 Agilent TapeStation 分析軟件（A.02.02版）的 Agilent 4200 TapeStation 系統。RNA ScreenTape（部件號 5067-5576）和試劑（部件號 5067-5577 和5067-5578），以及安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape（部件號 5067-5579）和試劑（部件號 5067-5580 和 5067-5581）均購自安捷倫科技公司。除非另有說明， 否則所有分析均按照生產商的方案和指南進行。采用 ScreenTape 分析法對所有樣品進行分析，每個膠條包含梯度分子量內標上樣。從 FFPE 組織中提取的 RNA 樣品由國家腫瘤疾病中心（簡稱 NCT，位于德國海德堡）組織庫友情提供，此過程符合組織庫的規定，并得到了海德堡大學倫理委員會的批準。
數據分析
DV200 表示大于 200 個核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比。通過定義大于 200 個核苷酸的區域，可以利用 TapeStation 分析軟件計算得出 DV200。該軟件提供了區域設置的多種方式，適用于從低到高的各種樣品通量。如需了解更多信息以及關于區域分析的演示視頻，請咨詢安捷倫信息中心(AIC)。
單個樣品的區域設置
為單個樣品定義 DV 200 區域，請單擊 Region，然后右鍵單擊電泳圖以添加區域。可以通過向左或者向右滑動來單獨調節區域邊界。
數據文件的區域設置
如果要將 DV 200 區域定義為默認適用于單個數據文件中所有樣品，請單擊 Region，然后單擊 Region Settings，在對話框中輸入區域下限和上限（圖 1）。如需在電泳圖中識別該區域，請輸入DV200 作為區域注釋。要將該區域應用于現用文件中的所有樣品，請選擇 This File。
自動區域設置
要將 DV200 區域定義為默認適用于所有重復的 FFPE RNA 樣品分析，請單擊 Region，然后單擊 Region Settings，在對話框中輸入區域下限和上限（圖 1）。如需在電泳圖中識別該區域，請輸入
DV200 作為區域注釋。要將該 DV200 區域應用于與現用文件分析方法相同的所有文件，請選擇 Assay Files。
DV200 區域定義完成后，每個樣品的值將顯示在區域表中的 % of Total 列（圖 2）。可以通過選中區域表，導出所有區域數據并生成報告。請注意，TapeStation 分析軟件的區域表、導出文件和報告中顯示的濃度，是指所定義區域的濃度；總樣品濃度顯示在樣品表中。
結果與討論
重現性
對三個 FFPE RNA 樣品進行五次獨立重復測定，以對采用 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法獲得的 DV200 重現性進行驗證。兩種方法均表現出較高的重現性，CV 小于 5%（圖 3）。
濃度依賴性
采用 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法對三個單獨 FFPE RNA 樣品的系列稀釋溶液進行分析，以確定 DV200 分析的一致性（表 1）。RNA ScreenTape 分析法和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法獲得的 DV200 均表現出較高的精確度，其CV 值小于 5%。
如圖 4 所示，系列稀釋溶液分析表明， 當測量濃度高于特定分析濃度范圍下限時，DV200 評估是最精確的。
嚴重降解的 FFPE 樣品可能會下移到靠近下位分子量內標處，而不能完全與下位內標分離，特別是在樣品濃度接近特定定量范圍上限時。在這種情況下，稀釋樣品產生的 DV200 結果更為準確（見圖 5）。
分析方法比較
采用 RNA ScreenTape 分析法對來自不同人體組織的 20 個 FFPE RNA 樣品進行分析，然后將樣品按 1:20 的比例稀釋，再用高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法進行分析。RNA 分析法獲得的 DV200 范圍為 40%–74%，而用高靈敏度 RNA 分析法分析相應樣品的結果為這些值的 101±5%。為了驗證 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法測得的 DV200 的可比性，將兩種方法得到的值繪制在一起，如圖 6 所示。
結論
Agilent RNA 和安捷倫高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法，結合 Agilent 4200 TapeStation 系統，可以輕松快速地對FFPE RNA 樣品進行質量分析。Agilent TapeStation 分析軟件在進行區域設置后 DV200 以總百分比顯示。RINe 算法不會影響 DV200 的計算。由 RNA 和高靈敏度 RNA ScreenTape 分析法計算得到 DV200 具有較高的重現性，兩種方法得到的結果 高度一致。為了獲得最佳性能，建議與樣品一起進行梯度分子量內標分析。在特定分析范圍內，系列稀釋溶液的 DV200 具有一致性。對于未能與內標有效分離的高度降解樣品，應對其進行稀釋以獲得最準確的結果。
參考文獻
1. Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina Technical Note, publication number 470-2014-001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote- truseq-rna-access.pdf
僅限研究使用。不可用于診斷目的。
本文中的信息、說明和指標如有變更，恕不另行通知。
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2017 年 9 月 28 日，中國出版
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聯系電話：800 820 3278，400 820 3278，010-64397888
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