在LPS發生效應時，可能會涉及LPS內化。TLR2識別革蘭陽性菌的脂蛋白后，被內化到吞噬體內，引發信號轉導效應。至于TLR4是否同樣也內化吞噬體內，尚無文獻報道。吞噬體的不同pH值會影響配體-受體的相互作用。由于Nramp 1能夠作用于吞噬體，產生顯著酸化效應，并導致LPS構象的改變，故不同酸堿度能夠影響LPS 的構象，例如LPS負電荷的多少影響巨噬細胞IL-6的分泌，因而產生不同的效應。當Nramp 1突變影響吞噬體的pH時，勢必也影響LPS的構象，引起宿主不同的反應，以致出現內毒素反應低下的表現。