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ChIP-seq-生物信息學(xué)服務(wù)
Chip-seq是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，將ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
服務(wù)類別：芯片與生物信息學(xué)總訪問：3055
最后更新：2015-8-19半年訪問：46
參考報價：請咨詢：021-60901208
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  • 公司簡介
簡介：染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
 
ChIP-Seq的原理: 首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。基于此，我們推出ChIP-Seq的完整解決方案，協(xié)助您一起探索生物奧秘。
 
技術(shù)路線
 
生物信息學(xué)分析
 
樣品要求
1）DNA純度：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間; 
2）DNA總量：每個樣品總量不少于15ng；
3）DNA的保存溶劑：H2O 或TE (pH 8.0)中；
4）樣品運輸：冰袋運輸，且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
5）建議在條件允許情況下，提供可供兩次樣品制備的量，以確保實驗質(zhì)量及延續(xù)性。
 
應(yīng)用案例
Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867413003929
 
背景：
1. 控制大多數(shù)哺乳動物發(fā)育的轉(zhuǎn)錄因子可以控制細胞類型特異性模式的基因表達，通過高通量測序技術(shù)，在哺乳動物中鑒定出400,000至1.4 million個增強子，如：有特定的組蛋白修飾的增強子。
2. 建立和維持胚胎干細胞（ESCs）動態(tài)的基因表達依賴于少數(shù)幾個主要轉(zhuǎn)錄因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，與中間物復(fù)合體一起可以結(jié)合增強子，易于捕獲RNA聚合酶II來作用靶基因的啟動子區(qū)域。關(guān)于降低中間物水平可以模擬影響ESCs的Oct4水平的機制目前還不清楚。利用CHIP-seq技術(shù),發(fā)現(xiàn)超級增強子具有影響大多數(shù)哺乳動物細胞類型中有識別作用基因表達的功能。
 
研究方法：
1. 小鼠基因組DNA提取。
2. 極小量的Oct4 啟動子擴增，熒光素酶表達構(gòu)建。
3. 利用illumina平臺，進行ChIP-Seq測序。
4. 數(shù)據(jù)分析。
 
結(jié)果分析：
1. 發(fā)現(xiàn)ESCs大量基因組結(jié)構(gòu)域被主要的轉(zhuǎn)錄因子和中間物占據(jù)。如下圖：展示了8794個ESC增強子集合中，H3K27ac，H3K4me1，DNaseI hypersensitivity，OSN正常的ChIP-seq密度和信號分布圖。
2. 超級增強子通常與主要細胞識別基因有關(guān)。圖中顯示出轉(zhuǎn)錄因子ESCs的OSN; pro-B cells 的PU.1; 肌小管的MyoD; T-bet in Th（T helper）細胞; 巨噬細胞的C/EB Pa 分別在Esrrb, Inpp5d, Myod1, Tcf7, and Thbs-1的位置關(guān)系，以及統(tǒng)計3種細胞類型（ES,Pro-B (murine progenitor B)的典型增強子相關(guān)基因與超級增強子相關(guān)基因的韋恩圖。
參考文獻
[1]  Mitchell JA, Clay I, Umlauf D, et al. Nuclear RNA sequencing of the mouse erythroid cell transcriptome. PLoS One, 2012, 7:e49274.
[2]  Zong W, Zhong X, You J, Xiong L, et al.Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress. Plant MolBiol, 2012, [Epub ahead of print]
[3]  WarrenA.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
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